针对“回迁房已经办理房产证了，政府想收回部分房租”的情况，可能存在以下法律风险点：
1. 政府以“公共利益”为由收回但未补偿：例如，政府以城市规划调整为由收回回迁房用于公共设施建设，但未按法定标准给予补偿，导致您既失去房屋收益，又未获得合理赔偿。
2. 政府依据过期政策收回：例如，政府依据多年前的回迁政策要求收回房租，但该政策已被新政策替代，导致您的合法收益被不当剥夺。
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针对“回迁房已经办理房产证了，政府想收回部分房租合法吗”的问题，我们结合相关法律依据进行分析。
根据《中华人民共和国民法典》第二百四十条规定：“所有权人对自己的不动产或者动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利。”您已取得回迁房房产证，即拥有该房屋的所有权，包括收益权（如出租获取房租）。若政府无合法依据收回房租，违反了所有权人的收益权。此外，《中华人民共和国行政许可法》第八条规定：“公民、法人或者其他组织依法取得的行政许可受法律保护，行政机关不得擅自改变已经生效的行政许可。”您的房产证是政府颁发的合法行政许可，政府不得擅自剥夺您基于房产证享有的收益权。因此，若无合法依据，政府收回房租的行为不合法。
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关于您提出的“回迁房已经办理房产证了，政府想收回部分房租合法吗”的问题，需结合具体情况判断政府收回行为的合法性。
一般情况下，政府直接收回已办理房产证的回迁房部分房租不合法。
1. 若政府收回房租的依据是回迁房仍存在未履行的安置协议义务，如原协议约定回迁房需满足特定条件（如限制出租、优先回购等），且您未遵守该约定，则政府可能依据协议要求收回违规出租的收益。
2. 若政府以公共利益需要为由（如征收、拆迁等）收回回迁房，但未按法定程序给予补偿，则收回房租的行为不合法。
3. 若政府无任何合法依据，仅以行政命令要求收回房租，则属于违法行政行为。
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针对“回迁房已经办理房产证了，政府想收回部分房租”的情况，可能存在以下特殊情况或例外情形：
1. 回迁房存在产权瑕疵：若回迁房的房产证办理存在程序违法（如未完成土地出让金缴纳），政府可能依据相关规定收回部分收益，直至瑕疵解决。
2. 政府与您签订了补充协议：若您与政府后续签订了关于房租收益分配的补充协议，且协议合法有效，则政府可依据协议收回部分房租。
3. 回迁房用于保障性住房：若回迁房被纳入保障性住房管理体系，政府可能依据相关政策限制房租收益，如要求租金收益用于保障性住房建设。

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