公司扣除公休工资可能带来以下法律风险，需您警惕：1.劳动报酬权被侵犯的风险：若公休为法定或合同约定，公司扣除工资直接违反《劳动法》第五十条，您的劳动报酬权受损。例如：您与公司约定每周2天公休，公司却扣除公休日工资，导致您当月收入减少，即属于该风险。2.证据链缺失的风险：若您未保存劳动合同或考勤记录，无法证明公休性质，即使公司违法扣薪，也可能因证据不足无法维权。例如：公司称公休是福利性休息需全勤，您却无法提供合同证明公休为约定休息日，仲裁可能不支持您的诉求。
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以下特殊情况会影响公司扣除公休工资的合法性判断，需您注意：1.公司因经营困难临时调整公休政策：若公司因疫情、亏损等特殊情况，与员工协商一致调整公休（如将约定公休改为福利性公休），并明确扣除规则，扣除行为可能合法；若未协商一致直接调整，仍属违法。2.员工存在旷工或未按规定请假：若您休息的两天并非公休日，而是未请假的旷工，公司将其计入“公休扣除”虽名称错误，但实际是扣除旷工工资，可能合法；若您确实在公休日休息，公司却以“旷工”为由扣除，仍属违法。3.特殊行业的综合工时制：若您所在行业实行综合计算工时制（如快递、零售），公休可能按周期统筹安排，若公司在周期内已保证休息时间，扣除未出勤的“公休日”工资可能合法；若未保证法定休息时间，扣除仍违法。
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针对您“工作期间休息两天，公司扣除公休中的这两天是否合法”的问题，核心取决于公休的性质及合同约定。公司扣除公休中的这两天是否合法，需结合公休性质与劳动合同、规章制度判断。1.若公休是法定节假日（如周末、春节假期）：公司扣除该公休日工资不合法，法定节假日属劳动者法定休息权范畴，应正常发放工资。2.若公休是劳动合同约定的固定休息日（如每周固定2天公休）：公司扣除该公休日工资不合法，约定休息日是劳动者应享权益，工资不得无故扣减。3.若公休是公司额外给予的福利性休息日（未写入合同或制度）：需看公司规章制度是否明确“福利公休需以全勤为前提”，若有且经民主程序公示，扣除可能合法；若无约定则不合法。
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处理公司扣除公休工资的问题时，需避免以下常见错误操作：1.未保留关键证据：若未保存劳动合同、工资条、考勤记录等，后续维权时无法证明公休性质及工资被扣事实，可能导致仲裁或诉讼失败。2.超过维权时效：劳动争议申请仲裁的时效为一年，若您知道公司扣除公休工资后超过一年未维权，将丧失胜诉权，无法通过法律途径追回工资。3.盲目签署“自愿扣薪协议”：若公司要求您签署同意扣除公休工资的协议，盲目签署会视为您放弃权益，即使公司行为违法，也难以主张补发工资。若您已出现上述错误，或不确定如何补救，建议及时向专业律师咨询，避免权益进一步受损。

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